A estrutura da Direção Geral do Campus UFRJ-Macaé é composta por:

- Gabinete da Direção Geral;

- Protocolo Geral;

- Setor de Comunicação e Divulgação;

- Setor de Estágios, Convênios e Acordos;

- Setor Financeiro;

- Setor de Recursos Humanos;

- Setor de Progressão Funcional e Estágio Probatório;

- Setor de Admissão Docente;

- Biblioteca;

- Super TIC Macaé.