NUPEM/UFRJ sequencia genomas do SARS CoV-2 (Novo Coronavírus) e identifica quatro linhagens do vírus, em Macaé

 Descoberta de diferentes linhagens do vírus pode mudar a luta contra a pandemia no município

 

     O Instituto de Biodiversidade e Sustentabilidade NUPEM-UFRJ sequenciou 96 genomas dos SARS-CoV-2 (Novo Coronavírus) e identificou quatro linhagens diferentes do vírus causador da COVID-19 circulantes em Macaé, entre abril e agosto de 2020. Os dados são essenciais para aprimorar o protocolo de análise de amostras e a futura abordagem médica.

 

 

     Uma das hipóteses dos pesquisadores é que as mutações possam alterar a evolução da doença, o índice de infecção e letalidade. Inicialmente, a equipe do NUPEM/UFRJ acreditava que apenas uma linhagem previamente descrita no Brasil (B.1.1.33) estivesse no município causando a COVID-19.

 

     A tecnologia de sequenciamento de genomas utilizando nanoporos (Oxford Nanopore) foi desenvolvida e realizada de forma pioneira no NUPEM/UFRJ a partir de importantes colaborações com o Instituto de Biologia da UFRJ, liderado pelos professores Amilcar Tanuri e Cristiano Lazoski, além do aluno de mestrado Felipe Sciammarella. Pelo NUPEM/UFRJ o tecnólogo Bruno Rodrigues, o pós-doutor Lupis Ribeiro, a Profa. Manuela Leal e o Prof. Rodrigo Nunes da Fonseca atuaram no estabelecimento da técnica.

 

     O tecnólogo Bruno Rodrigues relata: “Em abril todos os genomas sequenciados eram da linhagem B.1.1.33, predominante no Brasil, enquanto que no final de Agosto, 20% dos sequenciamentos eram da linhagem B.1, oriunda do surto italiano durante a primeira onda da pandemia, e que teve sua frequência gradualmente aumentada ao longo dos meses no Município de Macaé. Outras duas linhagens foram encontradas em menor proporção em maio e junho, não sendo encontradas posteriormente”. Já o Pós-doutor Lupis Ribeiro explica: “as novas informações são importantes para compreender as fases da pandemia e o aumento da taxa de positividade ao longo das semanas”. Foram analisadas as sequências completas de Sars-Cov2 de pacientes positivos para COVID-19 de 60 bairros de Macaé.

 

     Segundo o Diretor do NUPEM/UFRJ, Rodrigo Nunes da Fonseca, já foi possível identificar diversas mutações nas sequências de RNA dos vírus assim como uma possível interação entre as proteínas dos vírus e das células humanas. Nos próximos meses, esses dados serão estudados com mais detalhes: “Todo este trabalho de sequenciamento e acompanhamento da evolução das linhagens de SARS-CoV-2 permitirá compreender a dinâmica do estabelecimento de novas linhagens no Município e analisar suas consequências para pandemia, além de contribuir com a análise da eficácia das futuras vacinas,” afirmou. Na próxima etapa, a Profa. Manuela Leal estudará o efeito destas mutações utilizando programas de computador, as chamadas bioinformática e modelagem molecular.

 

    O NUPEM, Instituto de Biodiversidade e Sustentabilidade da UFRJ atingiu a marca histórica de 10 mil testes moleculares da COVID-19, através da técnica conhecida como PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e alertou sobre segunda onda de casos. De acordo com dados do Instituto na equipe de diagnóstico molecular coordenado pela Profa. Natália Martins Feitosa agora no meio de novembro 41% dos testes de pacientes sintomáticos tiveram resultados positivos para SARS CoV-2 (Novo Coronavírus) enquanto que no início de setembro, apenas 9% dos diagnósticos eram positivos.

 

     O projeto “Apoio ao NUPEM UFRJ-Macaé Para Implementação de um Laboratório de Campanha para Testagem e Pesquisa do COVID-19 (LCC-UFRJ-Macaé)” agrega Instituições Públicas, Privadas e diversos atores da sociedade civil. O projeto garante mais agilidade nos resultados dos testes com laudos entre 36 e 48 horas. Este esforço foi possível a partir de doações de pessoas físicas e jurídicas e destinações de multas do Ministério Público do Trabalho.

     A Direção do NUPEM/UFRJ agradece a toda equipe do Instituto pelo trabalho, aos comitês gestor e técnico-científico do projeto, à Prefeitura Municipal de Macaé e a todos aqueles que colaboraram com a iniciativa.

     Mais informações pelo site: http://transparencia.coppetec.ufrj.br/pesquisa-covid19-macae.php.

 

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Figura 1: O tecnólogo Bruno Rodrigues e o pós-doutor Lupis Ribeiro, pesquisadores do NUPEM/UFRJ realizando a análise dos genomas do Sars-Cov2 de Macaé

 

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Figura 2: Mini-sequenciador de DNA Oxford Nanopore.

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Figura 3: Imagem do software utilizado durante o processo de sequenciamento. Cada quadrado verde representa um nanoporo sequenciando DNA em tempo real. Mais de 1 milhão de sequências de DNA (A,T,C,G) são obtidas por experimento.

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